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    文献赏析

    质谱原始数据如何上传数据库球王会|官网登录?

    2021/03/01

    很多在华盈生物完成质谱检测服务后的客户球王会|官网登录,到了文章发表的阶段都会咨询如何上传原始数据到公共数据库这个问题。对于组学研究来说球王会|官网登录,文章发表时杂志社一般会要求将原始数据上传到公共数据库,并在正文中提供相应数据库编号供同行下载球王会|官网登录,以重新进行数据分析和核对球王会|官网登录。随着蛋白组学的发展球王会|官网登录球王会|官网登录,专门供质谱原始数据储存和分享的数据库也出现了球王会|官网登录球王会|官网登录,功能也日趋完善球王会|官网登录。今天球王会|官网登录球王会|官网登录,小编将为大家介绍一款目前应用体验度排名靠前的数据库——ProteomeXchange球王会|官网登录。

    ProteomeXchange(简称PX),是应用较为广泛的蛋白质组学质谱数据存储平台(proteomexchange.org)球王会|官网登录球王会|官网登录,其旗下包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, jPOST等质谱数据存储平台球王会|官网登录,接下来我们将一起体验如何一步步上传我们的质谱原始数据到PX上。

    一、 ProteomeXchange原始数据的上传

    1. 点击下面的网址下载标准的提交工具PX Submission tool球王会|官网登录,软件基于Java开发环境球王会|官网登录,请确保电脑已经安装Java球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录。PX Submission tool无需安装球王会|官网登录球王会|官网登录,解压文件夹即可直接运行球王会|官网登录。网址:ebi.ac.uk/pride/help/archive/submission


    2. 登录账号球王会|官网登录球王会|官网登录,若之前未使用的话需要进行注册球王会|官网登录。

    (注册网址:ebi.ac.uk/pride/archive/register



    3. 选择提交类型(在实际使用过程中球王会|官网登录,partial submission为更经常用到的模式)球王会|官网登录。


    4. 提交原始数据对应的相关信息球王会|官网登录。


    5. 点击Add Files添加项目原始raw文件搜库文件球王会|官网登录球王会|官网登录,Fasta序列数据库球王会|官网登录,搜库结果球王会|官网登录,项目相关信息等等。若导入的File Type经软件识别类型有误时球王会|官网登录,可点击对应的文件进行文件类型的修改球王会|官网登录球王会|官网登录。


    6. 加载进所有文件之后球王会|官网登录,需要添加Result结果和原始文件之间的相关性球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录。


    7. 添加物种,样本类型球王会|官网登录,质谱仪器和修饰等相关信息球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录。(带*号的为必填项)


    8. 提供实验室负责人或者课题组老师的联系方式等球王会|官网登录球王会|官网登录。


    9. 如果本次上传的数据是一个大型研究项目的一部分球王会|官网登录球王会|官网登录,或者在数据处理过程中采用了其他发表文献数据或其他数据集数据则需要提供相关信息球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录。


    10. 对已上传的数据进行核对,若无误点击Next进行数据提交球王会|官网登录。



    提交成功后球王会|官网登录,邮箱会收到一条提醒原始数据提交成功的邮件球王会|官网登录,待数据通过审核之后ProteomeXchange会再次通过邮件提醒Project accession(也可以通过登录网站:ebi.ac.uk/pride/login进入个人中心查看)。

    二球王会|官网登录、 上传数据内容说明

    上传的数据集(dataset)往往包含质谱仪下机的原始文件(Raw data)球王会|官网登录、搜库完成后的结果文件以及实验信息等球王会|官网登录。其中质谱原始数据球王会|官网登录,我们称之为“RAW”球王会|官网登录,常见为质谱仪直接输出的raw格式文件,或者经过加工后的XML形式文件(mzXML或者mzML);搜库结果文件为ProteinGroups和Peptides蛋白肽段鉴定结果球王会|官网登录,称之为“RESULTS”。对于微生物等特殊物种球王会|官网登录球王会|官网登录,可以选择上传搜库时所比对的DNA测序转换成的氨基酸序列数据文件(一般为.fasta后缀的格式文件)等等球王会|官网登录∏蛲趸醸官网登录;锬壳氨ǜ嬷谐S玫闹势姿芽馊砑∕axquant软件和Proteome Discoverer软件(PD)等球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录。上传数据库时球王会|官网登录,一般针对Maxquant软件搜库结果,选择上传原始下机Raw文件+搜库结果文件search(可以将table文件夹中所有文件压缩得到压缩包直接上传)。

    针对PD软件搜库结果球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录,选择上传原始下机Raw文件+蛋白鉴定列表+搜库searchsummary结果球王会|官网登录球王会|官网登录。


    特色质谱球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录,特色华盈

    华盈生物质谱平台拥有多种不同型号高精度质谱仪球王会|官网登录,通过深入的质谱技术开发球王会|官网登录球王会|官网登录球王会|官网登录,我们致力于在常规定量蛋白组(iRAQ/TMT/Label free/DIA)技术之外球王会|官网登录球王会|官网登录,为科研用户提供更多的特色质谱技术服务的选择。经过多年发展球王会|官网登录,外泌体蛋白组球王会|官网登录球王会|官网登录、靶向蛋白组(MRM)和定量药物小分子组等产品已经成为华盈生物质谱业务的新名片。有了这些技术平台的支撑,华盈生物的合作者们就可以放心地开展更大范围球王会|官网登录、更前沿的科学探索了。



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